Jak dlouho může finanční úřad kontrolovat daňové přiznání?

1. Úvod

Tento článek se zabývá pravidly pro zásadní lhůtu v daňovém řízení, kterou je lhůta pro stanovení daně neboli prekluzivní lhůta. V České republice může obecně správce daně zahájit daňovou kontrolu a doměřit daňovému subjektu daň pouze po dobu tří let od termínu pro podání řádného daňového tvrzení. Na základě zákonem vymezených důvodů může být ale lhůta pro stanovení daně značně modifikována a ve svém důsledku prodloužena až na období deseti let. Nejčastějším důvodem je podání dodatečného daňového přiznání daňovým subjektem v posledních dvanácti měsících před skončením původní lhůty nebo zahájení daňové kontroly ze strany správce daně. Do uplynutí lhůty pro stanovení daně tedy lze změnit poslední známou daň v neprospěch daňového subjektu (tedy de facto lze otevřít daňovou kontrolu a na základě ní doměřit daň), ale také ve prospěch daňového subjektu (tedy de facto lze provést opravu formou podání dodatečného přiznání). Článek také obsahuje praktické příklady k dané problematice a vybranou relevantní soudní judikaturu Nejvyššího správního soudu. Po přečtení článku by daňový subjekt měl znát specifika relevantní pro lhůtu pro stanovení daně.

Jste účetní, daňař nebo mzdová účetní?
Vyzkoušejte bezplatné poradenství od našich daňových expertů.
A to na 7 dní zdarma!

2. Lhůta pro stanovení daně a vliv různých skutečností na tuto lhůtu

Lhůta pro stanovení daně neboli prekluzivní lhůta, představuje lhůtu, po kterou může správce daně zahájit daňovou kontrolu za již uplynulá zdaňovací období a daň stanovit v odlišné výši než byla daň vyměřena. Lhůta pro stanovení daně je v České republice v porovnání s jinými zeměmi poměrné krátká. Lhůta pro stanovení daně je vymezena v § 148 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále jen „daňový řád“), který stanoví, že daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí tři roky, přičemž lhůta pro stanovení daně počíná běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení (například u správních poplatků, které se řídí daňovým řádem).

Pro lhůty obecně, tedy i pro podání daňového přiznání platí pravidlo, že pokud připadne poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den (níže uvedeno v závorce s uvedením „resp.“). Toto pravidlo by mělo platit i pro lhůtu pro stanovení daně, přičemž ale existuje speciální pravidlo stanovené v § 148 odst. 1 daňového řádu, které stanovuje počátek základní lhůty pro stanovení daně, která začíná běžet již tím dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou a nikoliv až den následující, jak stanovuje základní pravidlo pro lhůty upravené v daňovém řádu. V tomto bodě je vhodné podotknout, že aplikace pravidel pro lhůty na lhůtu pro stanovení daně není v daňovém řádu vymezena zcela jednoznačně, a proto v případě, že správce daně zahájí daňovou kontrolu podle názoru daňového subjektu například s jednodenním zpožděním, tak může být smysluplné se takovému postupu bránit s argumentem, že lhůta pro stanovení daně již uplynula.

Lhůta pro stanovení daně limituje pouze časové období, po které může být vyměřená daň následně změněna, ale tato lhůta nemá vliv na jiné povinnosti daňového subjektu (například lhůta pro archivaci daňových dokladů podle § 35 odst. 2 zákona č. 235/2004 Sb., zákona o dani z přidané hodnoty (dále jen „DPH“ a „zákon o DPH“), podle kterého se daňové doklady uchovávají po dobu 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo). 

Příklady základních lhůt pro stanovení daně pro rok 2018

Lhůta pro stanovení daně však může být z různých taxativně vymezených důvodů prodloužena, takže správce daně může zkontrolovat i starší zdaňovací období. Podle důvodové zprávy k daňovému řádu je cílem vytvoření dostatečného prostoru na obou stranách pro nalezení věcně i právně správně zjištěné a stanovené daně. Jestliže ale nenastane žádná ze zákonem vymezených situací, tak po třech letech skončí pro správce daně možnost zkontrolovat příslušné zdaňovací období a změnit tak poslední známou daň. Každé zdaňovací období přitom může mít lhůtu pro stanovení daně modifikovanou z různých důvodů, a proto může končit tato lhůta u konkrétního zdaňovacího období dříve či později. Každé zdaňovací období má totiž svůj „osud“, co se týče lhůty pro stanovení daně, a proto je vhodné, vždy když má správce daně v úmyslu otevřít daňovou kontrolu, nejprve prověřit, zda u daného zdaňovacího období již neuplynula lhůta pro stanovení daně, a to podle skutečností, které jsou pro dané zdaňovací období relevantní.

I přes různé modifikace, končí lhůta pro stanovení daně nejpozději uplynutím deseti let od jejího počátku. Jedinou výjimkou je trestně právní rovina, kdy je možné otevřít i již prekludovaná zdaňovací období.

Lhůta pro stanovení daně může být modifikována podle pravidel uvedených v § 148 daňového řádu v těchto případech:

• Prodlužení lhůty o rok, pokud v posledních dvanácti měsících před uplynutím dosavadní lhůty nastane jedna z následujících skutečností:
• podání dodatečného daňového tvrzení,
• oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud tato výzva vedla k doměření daně,
• oznámení rozhodnutí o stanovení daně,
• zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku,
• oznámení rozhodnutí ve věci opravného nebo dozorčího prostředku,
• oznámení rozhodnutí o prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně.
• Znovu rozběhnutí lhůty nastává z těchto důvodů:
• zahájení daňové kontroly,
• podání řádného daňového tvrzení,
• oznámení výzvy k podání řádného daňového tvrzení,
• marné uplynutí lhůty stanovené ve výzvě k zahájení daňové kontroly (§ 87 odst. 6 daňového řádu).

• Lhůta se staví z těchto důvodů:
• po dobu řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem,
• po dobu řízení o otázce, o níž je příslušný soud rozhodnut, a která je nezbytná pro správné stanovení daně,
• po dobu trestního stíhání pro daňový trestný čin související s touto daní,
• od zmeškání odvolací lhůty proti rozhodnutí o stanovení daně až do oznámení rozhodnutí o jejím navrácení v předešlý stav,
• od marného uplynutí úložní doby až do dne doručení rozhodnutí, kterým je prohlášena neúčinnost doručení rozhodnutí vydaného v nalézacím řízení,
• ode dne odeslání žádosti o mezinárodní spolupráci při správě daní až do dne obdržení odpovědi na tuto žádost nebo do dne odeslání oznámení o ukončení mezinárodní spolupráce při správě daní v dané věci.

Lhůta pro stanovení daně je stanovena národní legislativou a není harmonizována ani u daní řídící se úpravou Evropské unie (například DPH). Ve světě proto platí odlišně dlouhé lhůty pro stanovení daně (například na Slovensku je tato lhůta pět let) a odlišné jsou také důvody pro prodloužení lhůty. Toto pravidlo může zkomplikovat možnost provedení zpětné opravy daňové povinnosti (například pokud se mění režim DPH na mezinárodní úrovni z důvodu odlišného počtu let pro provedení oprav). Ve srovnání se zahraničním je tedy česká tříletá lhůta poměrně krátká.

3. Vliv trestního řízení na lhůtu pro stanovení daně

Daňový řád navíc obsahuje speciální pravidla jakožto konsekvenci trestněprávního jednání, která umožňují správci daně stanovit daň bez ohledu na skutečnost, že lhůta pro stanovení daně již uplynula. Podle § 148 odst. 4 písm. c) daňového řádu platí, že lhůta pro stanovení daně neběží po dobu trestního stíhání pro daňový trestný čin související s touto daní. Dále také platí, že jako důsledek trestního řízení je prolomena lhůta pro stanovení daně, protože § 148 odst. 6 daňového řadu stanoví, že v důsledku jednání, které bylo předmětem pravomocného rozhodnutí soudu o spáchání daňového trestného činu, lze daň stanovit do konce druhého roku následujícího po roce, v němž nabylo rozhodnutí soudu právní moci, bez ohledu na to, zda již uplynula lhůta pro stanovení daně. Speciální ustanovení prakticky umožňuje správci daně po pravomocném odsouzení za spáchání daňového trestného činu daň stanovit i po uplynutí lhůty pro stanovení daně. Podle zákona č. 40/2009 sb., trestního zákoníku přitom trestnost trestného činu krácení daně zaniká až po patnácti letech (u nejzávažnějších daňových trestných činů). Další výjimkou je prolomení lhůty pro stanovení daně při aplikaci dobrovolného přiznání se ze strany daňového subjektu formou tzv. účinné lítosti, kdy zaniká trestní odpovědnost, protože podle § 148 odst. 7 daňového řádu platí, že pokud daňový subjekt podá řádné daňové tvrzení nebo dodatečné daňové tvrzení a současně tvrzenou daň včetně jejího příslušenství uhradí, je-li toho třeba pro zánik trestnosti daňového trestného činu z důvodu účinné lítosti, lze daň stanovit bez ohledu na to, zda již uplynula lhůta pro stanovení daně. Proto může daňový subjekt odstranit následky svého jednání bez ohledu na uplynutí lhůty pro stanovení daně.

4. Speciální vymezení lhůty

Některé speciální zákony, které mají přednost před daňovým řádem, stanovují odlišně lhůtu pro stanovení daně.

• Jde o pravidla stanovená v §38r zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „zákon o dani z příjmů“), který obsahuje tyto situace:Pokud byla poskytnuta investiční pobídka formou slevy na dani, lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, ve kterém nárok na slevu vznikl, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto slevu uplatnit, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž nastaly skutečnosti uvedené v § 35a odst. 7, 8 nebo 9 zákona o dani z příjmů nebo v němž uplynula lhůta pro uplatnění nároku na slevu na dani.
• Bylo-li možné uplatnit daňovou ztrátu nebo její část ve zdaňovacích obdobích následujících po zdaňovacím období, v němž daňová ztráta vznikla, jako položku odčitatelnou od základu daně, lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která bylo možné tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, za které bylo možné daňovou ztrátu nebo její část uplatnit. Obdobně se postupuje při uplatnění ztráty po převodu obchodního závodu, fúzi obchodních korporací nebo rozdělení obchodní korporace.
• Lhůty pro stanovení daně z důvodů nesplnění podmínek pro uplatnění úplaty u finančního leasingu jako výdaje počínají běžet od konce kalendářního roku, v němž bylo možno poprvé ověřit splnění těchto zákonných podmínek.
• Lhůty pro stanovení daně z důvodu nesplnění podmínky pokračování v činnosti zemědělského podnikatele počínají běžet od konce kalendářního roku, v němž tato podmínka není splněna.

Speciální počátek běhu lhůty pro stanovení daně je také stanoven v zákoně č. 338/1992 Sb., zákon o dani z nemovitých věcí, a to v případech, kdy se nepodává daňové přiznání (např. se nemění okolnosti určující výši daně) tak, že lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem 31. 1. zdaňovacího období.

Speciální lhůtu obsahuje také § 44a zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech (dále „jen zákon o rozpočtových pravidlech“), podle kterého lze odvod a penále vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.

5. Vybraná judikatura ke lhůtě pro stanovení daně 

Do 31. 12. 2010 byl pro správu daní účinný zákon č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků (dále jen „ZSDP“), který obsahoval mnoho výkladových nejasností, které byly postupně vykládány rozsudky Nejvyššího správního soudu. Daňový řád měl tedy odstranit tyto nejasnosti a měl obsahovat jasná zákonná pravidla mimo jiné i pro lhůtu pro stanovení daně. Za několik let účinnosti daňového řádu však vyvstaly určité otázky, které jsou předmětem soudních sporů. Na základě judikatury Nejvyššího správního soudu lze tedy konstatovat několik pravidel týkajících se lhůty pro stanovení daně upravené daňovým řádem. Níže lze nalézt odpovídající citace z vybraných rozsudků Nejvyššího správního soudu, které může daňový subjekt v praxi použít v rámci své procesní obrany.

• Rozsudek čj. 2 Afs 22/2016-43 – Účinky výzvy správce daně podle § 145 odst. 2 daňového řádu na běh lhůty pro stanovení daně nejsou vyloučeny tím, že výše doměřené daně je odlišná od daně plynoucí z dodatečného daňového tvrzení podaného na základě uvedené výzvy. Lhůta pro stanovení daně může být z důvodů uvedených v § 148 odst. 2 daňového řádu prodloužena opakovaně. Po podání dodatečného daňového tvrzení na základě výzvy správce daně lze použít postupu k odstranění pochybností (§ 89 daňového řádu), aniž to má vliv na účinky výzvy na lhůtu pro stanovení daně.
• Rozsudek čj. 9 Afs 72/2011-218 – Ustanovení § 148 odst. 5 daňového řádu, ve kterém je stanovena maximální desetiletá lhůta pro stanovení daně, jejíž běh nelze prodlužovat, přerušovat ani stavit, lze aplikovat pouze na prekluzivní lhůty, které počaly běžet za účinnosti daňového řádu, tj. od 1. 1. 2011; v případech, kdy maximální desetiletá prekluzivní lhůta počala běžet před účinností daňového řádu, postupuje se dle dosavadních právních předpisů, včetně § 41 zákon č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „SŘS“).
• Rozsudek čj. 2 Afs 1/2015-49 – Lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 2 daňového řádu se prodlužuje o jeden rok pouze tehdy, pokud výzva k podání dodatečného daňového přiznání byla skutečně tím úkonem, na základě kterého došlo k doměření daně. Byla-li daň doměřena až na základě následně vedené daňové kontroly, není naplněna hypotéza uvedené právní normy a k prodloužení lhůty k stanovení daně nedochází.
• Rozsudek čj. 4 Afs 54/2015-21 – Za úkon způsobující prodloužení lhůty pro stanovení daně podle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu, nelze považovat takovou výzvu k podání dodatečného daňového tvrzení, kterou správce daně vydal formálně na samém konci dosavadní prekluzivní lhůty za výhradním či hlavním účelem spočívajícím v zachování lhůty pro doměření daně.
• Rozsudek čj. 7 As 117/2014-29 – Prekluzivní lhůta pro stanovení odvodu či penále za porušení rozpočtové kázně obsažená v § 44a zákona o rozpočtových pravidlech, je lhůtou speciální vůči prekluzivním lhůtám pro stanovení daně uvedeným v § 148 daňového řádu.
• Rozsudek čj. 22 Af 103/2014-36 – Ustanovení § 148 odst. 2 písm. e) daňového řádu, se týká jen rozhodnutí o stanovení daně ve smyslu § 147 odst. 1 daňového řádu (typicky tedy platebního výměru), nikoli rozhodnutí o opravném prostředku (typicky o odvolání).
• Rozsudek čj. 10 Afs 206/2017-39 – Nejvyšší správní soud konstatuje, že na běh (hmotněprávní) prekluzivní lhůty započaté před nabytím účinnosti zákonného opatření Senátu č. 344/2013. nelze aplikovat novou právní úpravu, která by šla k tíži daňového subjektu, (čl. 1 odst. 1 Ústavy). Na běh a délku prekluzivní lhůty ve smyslu § 148 daňového řádu se proto použijí dosavadní právní předpisy, tj. § 148 daňového řádu ve znění účinném do 31. 12. 2013. Odeslání žádosti o mezinárodní spolupráci v období po 1. 1. 2014 (bez ohledu na to, zda v rámci probíhající daňové kontroly či v rámci vyhledávací činnosti, anebo v souvislosti s jinými postupy správce daně) nelze v dané věci považovat za právně relevantní skutečnost pro stavení a v konečném důsledku prodloužení prekluzivní lhůty. Opačný výklad by měl za následek narušení legitimního očekávání na straně daňových subjektů, které v době vzniku daňové povinnosti mohly předvídat, kdy a na základě jakých skutečností zanikne právo státu vyměřit daň, resp. kdy uplyne prekluzivní lhůta ke stanovení daně ve smyslu § 148 daňového řádu i to, zda a kdy budou ukončeny procesní úkony správce daně, které směřovaly k vyměření této daně (tj. včetně úkonů v rámci probíhající daňové kontroly, mezinárodního dožádání, vyhledávácí činnosti, či jiných postupů správce daně, anebo v rámci řízení jím vedených). 

6. Co když FÚ zahájí daňovou kontrolu po lhůtě?

V praxi je vždy vhodné zkontrolovat, zda je správce daně ještě vůbec oprávněn z hlediska času zahájit daňovou kontrolu. V případě, že by správce daně zahájil daňovou kontrolu na již prekludované zdaňovací období, tak by se měl daňový subjekt proti takovému postupu správce daně bránit.

Nezákonnost daňové kontroly lze napadat formou stížnosti na postup správce daně podle § 261 daňového řádu. Pokud daný správce daně nevyřídí stížnost ve prospěch daňového subjektu, tak je možné v dalším kroku podat tzv. stížnost na stížnost, tedy požádat nejblíže nadřízeného správce daně (tj. Odvolací finanční ředitelství), aby prošetřil způsob vyřízení stížnosti. Dále se může daňový subjekt domáhat nezákonnosti daňové kontroly v rámci podání žaloby ke krajskému soudu a dále kasační stížnosti k Nejvyššímu správnímu soudu. K tomuto je relevantní rozsudek Nejvyššího správního soudu, který se zabývá otázkou, zda je potřeba před podáním správní žaloby podávat stížnost. V rozsudku čj. 1 Afs 58/2017 – 42 Nejvyšší správní soud rozhodoval poměrně zásadní otázku, zda je stížnost před podáním žaloby před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu podle § 82 SŘS jiným právním prostředkem, který je třeba vyčerpat před podáním žaloby. Podle NSS platí, že „podání žaloby, kterou se žalobce domáhá pouze určení, že zásah byl nezákonný, není podmíněno vyčerpáním jiných právních prostředků ochrany nebo nápravy před správním orgánem ve smyslu § 85 SŘS. Subjektivní lhůta pro podání žaloby běží od okamžiku, kdy se do sféry žalobce dostanou takové informace, na jejichž základě mohl seznat, v čem jednání veřejné správy, jež má být nezákonným zásahem spočívá, a že je zaměřeno proti němu. Stížnost ani žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti dle § 261 daňového řádu není jiným právním prostředkem ochrany nebo nápravy ve smyslu § 85 SŘS, který je nutno před podáním žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správce daně vyčerpat. Případné podání takové stížnosti nemá vliv na běh subjektivní lhůty pro podání žaloby“.

7. Lhůta pro placení daně 

Daňový řád dále stanovuje i lhůtu pro placení daně, která znamená, že již nelze vybrat a vymáhat nedoplatek na dani po uplynutí lhůty pro placení daně. Lhůta pro placení daně je přitom šest let a začíná běžet dnem splatnosti daně. Lhůta pro placení daně je tedy významně delší než lhůta pro stanovení daně. Pro lhůtu pro placení daně navíc daňový řád stanovuje jiné důvody, které modifikují lhůtu pro stanovení daně.