Dodatečné přiznání podané po uplynutí lhůty pro stanovení daně

Společnost s ručením omezených s povinným auditem podala za kalendářní rok 2011 přiznání k dani z příjmů právnických osob ve lhůtě. V tomto daňovém přiznání byla vykázána daňová povinnost ve výši 2 mil. Kč. Daňová povinnost byla vyměřena na základě daňového přiznání a správce daně neprováděl u tohoto zdaňovacího období žádné kontrolní postupy. U zdaňovacího období nenastaly žádné skutečnosti, které by lhůtu pro stanovení daně prodloužily. Následně 28. 7. 2016 společnost zjistila, že za rok 2011 měl být výsledek uvedené v daňovém přiznání daňová ztráta, a 2. 8. 2016 společnost podala dodatečné daňové přiznání s nově tvrzenou daňovou ztrátou. Jak bude postupovat správce daně?