Na úvod je vhodné předeslat, že veřejně prospěšných poplatníků se bude silniční daň týkat za situace, kdy silniční motorové vozidlo bude používáno k jiné než nepodnikatelské činnosti, z níž plynoucí příjmy nejsou předmětem daně. Znamená to tedy, že podmínkou je používání silničního motorového vozidla k doplňkové či jiné (podnikatelské) činnosti nebo k ziskové nepodnikatelské činnosti.
Výjimkou jsou nákladní automobily s největší povolenou hmotností nad 3,5 tuny registrované v České republice a přípojná vozidla s největší povolenou hmotností nad 3,5 tuny registrovaná v České republice, která jsou předmětem daně vždy, i v těchto případech se ale mohou na veřejně prospěšné poplatníky vztahovat snížení daně, jak je uvedeno dále.
Základní právní úpravou silniční daně je zákon č. 16/1993 Sb., o dani silniční, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDS“) a zákon č. 56/2001 Sb., o podmínkách provozu vozidel na pozemních komunikacích, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o podmínkách provozu“). Je vhodné také zmínit prováděcí předpisy k tomuto zákonu, zejména vyhlášku č. 343/2014 Sb., o registraci vozidel, ve znění pozdějších předpisů.
Předmět daně
Základní a nejdůležitější úpravou je vymezení předmětu daně. V případě veřejně prospěšných poplatníků platí, že předmětem daně jsou silniční motorová vozidla a jejich přípojná vozidla:
- registrovaná v České republice, tj. taková, kterým je přidělena registrační značka obecním úřadem obce s rozšířenou působností, který vede registr silničních vozidel,
- provozovaná v České republice, tj. taková, která využívají pozemní komunikace v České republice; pokud tedy území České republiky opustí, přestávají být předmětem daně,
- používaná poplatníkem daně z příjmů právnických osob, s výjimkou používání k činnosti veřejně prospěšného poplatníka daně z příjmů právnických osob, pokud příjmy z této jeho činnosti nejsou předmětem daně z příjmů.
Silniční vozidla jsou vymezena v § 2 odst. 1 zákona o podmínkách provozu a jedná se o motorová nebo nemotorová vozidla, která jsou vyrobena za účelem provozu na pozemních komunikacích pro přepravu osob, zvířat nebo věcí. Přípojným vozidlem je silniční nemotorové vozidlo určené k tažení jiným vozidlem, s nímž je spojeno do soupravy.
Dále zákon o podmínkách provozu vymezuje zvláštní vozidla, kterými jsou vozidla vyrobená k jiným účelům než k provozu na pozemních komunikacích, která mohou být při splnění podmínek stanovených tímto zákonem k provozu na pozemních komunikacích schválena. Zvláštní vozidla se rozdělují na tyto základní druhy:
- zemědělské nebo lesnické traktory a jejich přípojná vozidla,
- pracovní stroje samojízdné,
- pracovní stroje přípojné a výměnné tažné stroje,
- nemotorové pracovní stroje nebo nemotorová vozidla tažená nebo tlačená pěšky jdoucí osobou,
- vozíky pro invalidy s motorickým pohonem se stanovenými technickými parametry.
Zvláštním vozidlem se rozumí i mobilní stroj, průmyslové zařízení schopné přepravy nebo vozidlo bez karoserie, ve kterých je zabudován spalovací motor.
Silniční vozidla a zvláštní vozidla se rozdělují do základních kategorií L, M, N, O, T, C, R, S a Z. Rozdělení silničních vozidel a zvláštních vozidel do kategorií, další členění jednotlivých kategorií a jejich technický popis a způsob zařazení vozidel do kategorií stanoví prováděcí právní předpis, tedy zejména vyhláška o registraci vozidel.
Předmětem daně jsou pouze silniční motorová vozidla, nikoli nemotorová, ovšem s výjimkou přípojných vozidel. Přípojná vozidla patří mezi nemotorová, ale jsou výslovně zahrnuta do základu daně. Ostatní nemotorová vozidla předmětem daně nejsou.
Pro vznik předmětu daně tak musejí být splněny tři podmínky (registrace v ČR, provozování v ČR a použití k odpovídajícím činnostem), tyto podmínky musejí být splněny současně. Ze specifikace výše uvedených podmínek potom vyplývá, že pokud by vozidlo bylo používáno k činnostem, z nichž plynoucí příjmy nejsou předmětem daně z příjmů, toto vozidlo předmětem silniční daně není.
Příklad č. 1:
Obec má ve svém majetku bytové domy, které pronajímá občanům obce. Příjmy z pronájmu jsou na základě § 18a odst. 2 ZDP vždy předmětem daně. Tato obec má ve svém majetku zařazen osobní automobil, který využívá převážně ke své hlavní činnosti, ale příležitostně jej využívá i pro účely souvisejícími s pronájmy bytových domů. Toto vozidlo tedy bude předmětem silniční daně, protože jej obec využívá k činnostem, z nichž plynoucí příjmy jsou předmětem daně z příjmů.
Příklad č. 2: 
Příspěvková organizace zřízená městem, kulturní zařízení, v souladu se svou zřizovací listinou provádí pouze hlavní činnost. Tato činnost ve všech svých ohledech splňuje podmínky § 18a odst. 1 písm. a) ZDP a příjmy z ní plynoucí nejsou předmětem daně. K této své činnosti využívá silniční motorové vozidlo – užitkový automobil Citroen Berlingo.
Vzhledem k tomu, že organizace používá vozidlo pouze k činnostem, z nichž plynoucí příjmy nejsou předmětem daně, automobil Citroen Berlingo v tomto případě není předmětem silniční daně.
Je tedy zřejmé, že silniční daň je u veřejně prospěšných poplatníků velmi propojena s problematikou daně z příjmů, což v praxi způsobuje celou řadu problémů, a to jednak z pohledu správného stanovení skutečnosti, zda je vozidlo vůbec předmětem daně, ale také z pohledu správného stanovení povinnosti placení záloh na daň. Z hlediska daně z příjmů se jednotlivé nepodnikatelské činnosti a z nich plynoucí příjmy posuzují ve smyslu relace mezi příjmy a souvisejícími náklady až za celé zdaňovací období, ovšem o povinnosti placení záloh na daň silniční je nutné rozhodnout již v průběhu kalendářního roku, tedy zdaňovacího období. Tento rozpor staví tyto poplatníky do prakticky neřešitelné situace a je nutné hledat jiná, náhradní řešení jenom proto, že právní předpisy si s touto skutečností neumějí poradit. Zcela jistě se jedná o významný nedostatek této právní úpravy.
Pro úplnost doplňme, že pro účely daně silniční je Česká televize, Český rozhlas, Česká tisková kancelář a zdravotní pojišťovna veřejně prospěšným poplatníkem daně z příjmů právnických osob, i přesto, že z pohledu daně z příjmů tomu tak není.
Dále je nutné předeslat, že není důležité a podstatné, zda je vozidlo zahrnuto v obchodním majetku či nikoliv, jak je o vozidlu účtováno atd., rozhodující je pouze to, zda je vozidlo odpovídajícím způsobem používáno. To znamená, že pokud bude vozidlo součástí obchodního majetku, ale k činnostem, z nichž plynoucí příjmy jsou předmětem daně z příjmů, používáno nebude, potom toto vozidlo předmětem daně silniční, až na výjimky uvedené dále v textu, nebude. Není to tedy tak, že vozidlo, které je ...