Obecná možnost promíjení pokuty za kontrolní hlášení je od roku 2025 částečně zpět

V roce 2024 bylo uloženo plátcům daně z přidané hodnoty (dále jen „DPH“) celkem 33 756 pokut souvisejících s kontrolními hlášeními, kdy za nepodání jednoho kontrolního hlášení je stanovena nejvyšší hranice na 50 000 Kč. Pokud je pokuta uložena v souladu se zákonem, tak je možné v některých situacích požádat správce daně o prominutí takové pokuty, ale pro úspěch v promíjení musí plátce DPH naplnit řadu podmínek a také se musí vejít do tzv. ospravedlnitelného důvodu. Tento článek se zabývá novelizovaným pokynem Generálního finančního ředitelství (dále jen „GFŘ“) D-29 k prominutí pokut za nepodání kontrolního hlášení (dále jen „pokyn k prominutí“), který byl aktualizován 15. července 2025 dodatkem č. 10 č. j.: 51484/25/7100-30116-711593. Pokyn k prominutí přináší několik dílčích úprava, ale hlavně vrací částečně obecnou možnost prominutí pokuty, tedy jde o promíjení z jakéhokoliv důvodu, kdy má daňový subjekt možnost obecného prominutí jednoho pochybení vztahujícího se k plnění povinností u kontrolního hlášení a zakládajícím vznik pokuty, přičemž tento ospravedlnitelný důvod se použije u pochybení nastalého od 1. ledna 2025.

1. Proč ukládá správce daně pokutu a v jaké výši?

Správce daně je v podstatě povinen uložit podle ustanovení § 101h až § 101k zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „zákon o DPH“), příslušné pokuty za porušení povinností souvisejících s kontrolním hlášením. V tomto případě nejde o správní uvážení správce daně, ale v případě, že přesně vymezená situace nastane a správce daně je ve lhůtě pro uložení pokuty, tak má správce daně povinnost pokutu uložit formou platebního výměru.

Ustanovení § 101h odst. 1 zákona o DPH upravuje situace pro uložení pokuty i její výši. Správce daně tedy ukládá pokutu automaticky ze zákona, pokud plátce nepodá kontrolní hlášení ve stanovené lhůtě, a to v těchto hodnotách:

• § 101h odst. 1 písm. a) zákona o DPH stanovuje pokutu ve výši 1 000 Kč, pokud plátce kontrolní hlášení dodatečně podá, aniž by k tomu byl vyzván,
• § 101h odst. 1 písm. b) zákona o DPH stanovuje pokutu ve výši 10 000 Kč, pokud plátce kontrolní hlášení podá v náhradní lhůtě poté, co k tomu byl správcem daně vyzván,
• § 101h odst. 1 písm. c) zákona o DPH stanovuje pokutu ve výši 30 000 Kč, pokud plátce kontrolní hlášení nepodá na základě výzvy ke změně, doplnění či potvrzení údajů uvedených v podaném kontrolním hlášení a
• § 101h odst. 1 písm. d) zákona o DPH stanovuje pokutu ve výši 50 000 Kč, pokud plátce kontrolní hlášení nepodá ani v náhradní lhůtě.

Pro vymezený okruh plátců PDH je pak stanovena pokuta v poloviční výši. Podle ustanovení § 101h odst. 2 zákona o DPH platí, že pokuta podle odstavce 1 písm. b) až d) ustanovení § 101h zákona o DPH (tedy pokuta 10 000 Kč, 30 000 Kč a 50 000 Kč) se uloží v poloviční výši, pokud je:

• plátce DPH fyzickou osobou,
• ke dni, ve kterém vznikla povinnost uhradit tuto pokutu, zdaňovacím obdobím plátce kalendářní čtvrtletí, nebo
• plátce DPH společností s ručením omezeným, která má jednoho společníka, přičemž tento společník je fyzickou osobou, přičemž pro účely posouzení splnění těchto podmínek je rozhodným dnem první den kalendářního čtvrtletí, ve kterém vznikla povinnost uhradit tuto pokutu, nebo den vzniku této společnosti, pokud tato skutečnost nastane po rozhodném dni (tedy po prvním dni kalendářního čtvrtletí).

V rámci své diskreční pravomoci dále dle ustanovení § 101h odst. 3 zákona o DPH správce daně uloží pokutu do 50 000 Kč plátci DPH, který na základě výzvy správce daně k odstranění pochybností nezmění nebo nedoplní nesprávné nebo neúplné údaje prostřednictvím následného kontrolního hlášení. Podle ustanovení § 101h odst. 4 zákona o DPH správce daně uloží plátci, který nesplněním povinnosti související s kontrolním hlášením závažně ztěžuje nebo maří správu daně z přidané hodnoty, pokutu do 500 000 Kč. Při ukládání pokuty nesmí být pokuta stanovena v hrubém nepoměru k významu porušené povinnosti a k závažnosti následku pro správu DPH a dále správce daně musí přihlédnout zejména k míře součinnosti ze strany plátce DPH.

Podle dokumentu Informace o činnosti Finanční správy ČR za rok 2024 byly uloženy tisíce pokut souvisejících s kontrolním hlášením. Konkrétně byly uloženy jednotlivé pokuty v těchto případech:

• pokuta ve výši 1 000 Kč – za rok 2024 bylo uloženo 26 243 pokut,
• pokuta ve výši 10 000 Kč – za rok 2024 uloženo 164 pokut,
• pokuta ve výši 30 000 Kč – za rok 2024 uloženo 3 031 pokut,
• pokuta ve výši 50 000 Kč – za rok 2024 uloženo 4 318 pokut.
• Dle statistik nebyla v roce 2024 uložena žádná pokuta dle ustanovení § 101h odst. 3 a odst. 4 zákona o DPH.

Zákon o DPH také obsahuje také pravidla pro uložení pokuty ze strany správce daně. Pokud tyto limity nejsou správcem daně dodrženy a pokuta bude uložena nezákonně, tak může plátce DPH podat proti platebnímu výměru k pokutě odvolání. Limity obsažené v zákoně o DPH jsou tyto:

• Na základě ustanovení § 101j zákona o DPH se vylučuje vznik pokuty za nepodání kontrolního hlášení, tedy povinnost uhradit pokutu nevzniká, pokud v daném kalendářním roce došlo u plátce při podání kontrolního hlášení poprvé k prodlení podle § 101h odst. 1 písm. a) zákona o DPH (tj. pokuta 1 000 Kč a situace, kdy plátce DPH nepodá kontrolní hlášení ve stanovené lhůtě, ale podá jej dodatečně, aniž by k tomu byl vyzván) nebo poprvé k prodlení podle § 101h odst. 1 písm. b) zákona o DPH (tj. pokuta 10 000 Kč a situace, kdy plátce kontrolní hlášení podá v náhradní lhůtě poté, co k tomu byl správcem daně vyzván).
• V rámci ustanovení § 101h odst. 1 písm. b) zákona o DPH je stanoveno, že pokud plátci DPH povinnost podat kontrolní hlášení nevznikla, tak mu nevzniká daná pokuta. Pokud tedy plátce DPH nepodá kontrolní hlášení ve stanovené lhůtě, vzniká mu povinnost uhradit pokutu ve výši 10 000 Kč, pokud jej podá v náhradní lhůtě poté, co k tomu byl správcem daně vyzván, což ale neplatí, v případě že plátci povinnost podat kontrolní hlášení podle § 101c vůbec nevznikla.
• Na základě ustanovení § 101i odst. 1 zákona o DPH je stanoveno, že plnění povinností souvisejících s kontrolním hlášením lze vyžadovat do uplynutí lhůty pro stanovení daně.
• Na základě ustanovení § 101i odst. 2 zákona o DPH je stanoveno, že pokutu lze uložit nebo rozhodnout o povinnosti ji platit nejpozději do 3 let ode dne, ve kterém došlo k porušení povinnosti.
• Na základě ustanovení § 101i odst. 3 zákona o DPH je stanoveno, že povinnost uhradit pokutu zaniká, pokud nebyl platební výměr, kterým je rozhodnuto o této povinnosti, vydán do 6 měsíců ode dne, ve kterém došlo k porušení povinnosti. Judikaturou Nejvyššího správního soudu v rozsudku č.j. 1 Afs 35/2024 – 43 bylo vyloženo, že šestiměsíční prekluzivní lhůta podle § 101i odst. 3 zákona o DPH počíná běžet již uplynutím lhůty k podání kontrolního hlášení podle § 101e tohoto zákona. To platí i v případě, že kontrolní hlášení nebylo podáno „ani v náhradní lhůtě“ ve smyslu § 101h odst. 1 písm. d) zákona o DPH.
• Dále lze uvést i pravidlo vyložené v rámci rozsudku Nejvyššího správního soudu (č. j. 7 Afs 317/2024-23, že pokuta za nepodání kontrolního hlášení v náhradní lhůtě může být udělena, jen pokud na začátku měl plátce povinnost kontrolní hlášení vůbec podat.

2. Jaké jsou možnosti pro promíjení pokut souvisejících s kontrolním hlášením?

Správce daně při udělení pokuty za porušení povinnosti související s podáním kontrolního hlášení zašle rozhodnutí ...