Daňové subjekty se obvykle příliš netěší na dobu, kdy je u nich prováděna daňová kontrola. V následujícím příspěvku se pokusíme vysvětlit základní pravidla, práva a povinnosti, které jsou pro tuto oblast stanoveny.
1. Statistiky kontrolních činností
Nejprve je vhodné pro ilustraci uvést, jak rozsáhlá je kontrolní činnost, na které daně se primárně zaměřuje a jaké výsledky pro stát přináší. V době sestavování tohoto textu byly k dispozici údaje za rok 2020.

Celkově doměřená daň z daňových kontrol činila 5 946 805 tis. Kč, což představuje oproti roku 2019 pokles o 16,9 %, došlo i k poklesu počtu ukončených daňových kontrol o 35,1 %. I přes zavedená protiepidemická opatření v roce 2020 nebyla kontrolní činnost zastavena.
Výsledky daňových řízení nemusí mít dopad pouze ve vztahu k finančním orgánům. Z jejich strany dochází ke spolupráci s orgány činnými v trestním řízení. Následující tabulka znázorňuje podněty finančních úřadů předaných orgánům činným v trestním řízení:
Podněty předané finančními úřady orgánům činným v trestním řízení
Ve věci
| Počet předaných případů
| Částka v mil. Kč
|
2016
|
2017
|
2018
|
2019
|
2020
|
2016
|
2017
|
2018
|
2019
|
2020
|
Zkrácení daně (§ 240)
| 1 376
| 1 968
| 2 088
| 1 159
| 904
| 7 358
| 7 615
| 6 610
| 4 893
| 3 485
|
Neodvedení daně (§ 241)
|
|
|
| 392
| 213
|
|
|
| 146
| 106
|
Prohlášení o majetku (§ 227) 1)
|
|
|
| 317
| 120
|
|
|
|
|
|
Jiného (§ 254) 2)
| 283
| 570
| 445
| 122
| 85
| 436
| 279
| 165
|
|
|
CELKEM
| 1 659
| 2 538
| 2 533
| 1 990
| 1 322
| 7 794
| 7 894
| 6 775
| 5 039
| 3 591
|
Uvedené § dle zákona č. 40/2009 Sb., trestní zákoník, ve znění pozdějších předpisů.
1) § 227 - Porušení povinnosti učinit pravdivé prohlášení o majetku.
2) § 254 – Zkreslování údajů o stavu hospodaření a jmění.
Zdroj: Generální finanční ředitelství
Oproti roku 2019 došlo k celkovému poklesu podaných trestních oznámení o 668. Pokles počtu oznamovaných podezření z trestné činnosti byl v souladu s výsledky spolupráce finanční správy s orgány činnými v trestním řízení za rok 2020 a trendu snižování kriminality i díky zlepšenému výběru daní.
K největším snížením došlo u § 240 trestního zákoníku o 255 oznámení a u § 227 trestního zákoníku o 197 oznámení. Pozitivní je meziroční pokles způsobené škody o 1 448.
2. Výběr daňových subjektů ke kontrole
V některých situacích jsou finanční úřady při prověřování daňových povinností aktivnější. V oblasti daně z přidané hodnoty je často věnována pozornost subjektům, které vykazují často nadměrný odpočet DPH, nebo těm, které se čerstvě zaregistrovaly za plátce DPH a hned v prvních přiznáních vykazují nárok na vysoký nadměrný odpočet. Díky častým podvodům jsou též cílenější kontroly v rámci prodeje pohonných hmot či alkoholu. Díky vynalézavosti neseriózních subjektů se však odvětví, kde se vyskytují podvody, může velmi rychle měnit. V minulosti se tak pozornost kontrolních orgánů rozšířila např. do oblasti drahých kovů, ale i odpadu, personálních agentur apod. Cenné informace též správci daně poskytují kontrolní hlášení k DPH. Pokud se údaje vykázané odběratelem a dodavatelem vzájemně neshodují, je pravděpodobnost prověřování ze strany správce daně velmi vysoká.
V oblasti daně z příjmů jsou pak na čelném místě ti, kteří jsou řadu let po sobě ztrátoví. Obecně jsou pak také v podezření ti, u nichž se náhle výrazně mění daňová povinnost (např. dlouho ziskoví, najednou vysoká ztráta). Řada kontrol chodí též na udání spoluobčanů. Může se též stát, že daňový subjekt obchoduje s firmou, která se dostala do podezření správců daně, a tak je prověřován i on jako její obchodní partner. Též některé druhy podnikání jsou častěji prověřovány (stánkaři, taxikáři, distribuce alkoholu a pohonných hmot, zprostředkovávání zaměstnanců apod.).
2.1. Musí finanční úřad při zahájení kontroly sdělit důvod, proč hodlá daňové povinnosti prověřovat?
Poplatníky často zajímá, proč právě oni se stali terčem zájmu finančních orgánů, a jsou leckdy nepříjemně překvapeni, když jim to kontrolní pracovníci odmítají sdělit.
Z hlediska daňových subjektů byl velice zajímavý nález Ústavního soudu z roku 2008, který označil namátkovou kontrolu za nezákonnou. Šlo o nález Ústavního soudu I.ÚS 1835/07 ze dne 18. listopadu 2008, který požadoval pro provádění kontroly existenci konkrétními skutečnostmi podloženého podezření, že konkrétní daňový subjekt, u něhož je daňová kontrola zahajována, zřejmě svou daňovou povinnost nesplnil, nebo splnil, avšak v míře menší, než by měl.
Další vývoj judikatury však již byl odlišný a namátkovou kontrolu připustil.
Přípustnost namátkové kontroly (podle rozsudku Nejvyššího správního soudu 8 Afs 46/2009 – 46 ze dne 26. října 2009, publikováno ve Sbírce rozhodnutí NSS 2/2010 pod č. 1983/2010). Zveřejněná právní věta:
„Správce daně nemusí při zahájení daňové kontroly u právnické osoby disponovat konkrétním podezřením či pochybnostmi o řádném splnění kontrolované daňové povinnosti“
Naplnění hlediska potřebnosti Nejvyšší správní soud shledal v tom, že v případě daňové kontroly jde o relativně šetrný z možných způsobů dotčení autonomní sféry jednotlivce, a to s ohledem na široký katalog oprávnění, jimiž daňový subjekt v rámci daňové kontroly disponuje, a jejich reálnou a efektivní ochranu nejen v daňovém řízení, ale zejména v případném soudním řízení správním.
Požadavek, aby správce daně disponoval při zahájení daňové kontroly konkrétním podezřením či pochybnostmi o řádném splnění daňové povinnosti, nemá opodstatnění a je v rozporu s pojmovým chápáním kontroly ve správním právu jako takové. Navíc by znamenal negaci institutu daňové kontroly v daňovém řízení.
Potvrzení přípustnosti namátkové kontroly (podle rozsudku Nejvyššího správního soudu 2 Aps 2/2009 – 52 ze dne 3. prosince 2009, publikováno ve Sbírce rozhodnutí NSS 3/2010 pod č. 2000/2010):
„Nejvyšší správní soud plně respektuje a sdílí cíl, který sledoval Ústavní soud v nálezu sp. zn. I. ÚS 1835/07: ochrana před svévolným prováděním daňové kontroly a minimalizace zásahů správce daně do autonomní sféry daňového subjektu. Ke stejnému cíli však lze dospět i jinými prostředky, než volil Ústavní soud v citovaném nálezu; za situace, kdy k efektivnímu dosažení ochrany stejných ústavně zaručených práv mohou dostatečně sloužit prostředky plynoucí z ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu, přičemž Ústavní soud se touto výkladovou alternativou nezabýval, je Nejvyšší správní soud oprávněn se od předmětného právního názoru Ústavního soudu odchýlit.“
Nutnost sdělení důvodů kontroly (podle usnesení Ústavního soudu I. ÚS 378/10 ze dne 3. 11. 2010):
Ústavní soud došel k názoru, že to byla právě stěžovatelka (a nikoli FÚ), kdo řádně a včas neplnil ve sledovaném období roku 2006 a 2007 některé povinnosti v daňovém řízení týkající se podávání daňových přiznání (pozdní podání daňových přiznání k dani z příjmů právnických osob, resp. chybějící předepsané náležitosti v žádosti o prodloužení lhůt podání, neuhrazení správních poplatků s tím spojených) a daňových nedoplatků. Nelze přehlédnout i to, že se na FÚ předvolaný jednatel stěžovatelky ani nedostavil. Za této situace lze přisvědčit finančnímu úřadu, že to byla právě sama stěžovatelka, která se zařadila mezi rizikové daňové subjekty. Zahájení daňové kontroly u stěžovatelky, pro kterou se FÚ rozhodl a jež přitom byla první kontrolou od roku 1996, tedy od doby její registrace u správce daně, nelze tedy považovat za projev šikany či nerovnosti (stěžovatelčiny diskriminace) v postavení jednotlivých daňových subjektů.
Ústavní soud proto dovozuje, že již výše uvedené neplnění daňových povinností v daném stádiu daňového řízení svědčí o odlišnosti této souzené věci od stěžovatelkou připomínaného nálezu Ústavního soudu ve věci sp. zn. I. ÚS 1835/07.
Od důvodu výběru určitého subjektu (v souzené věci stěžovatelky) k zahájení daňové kontroly je přitom třeba odlišit zákonem vymezené předpoklady daňové kontroly směřující k správnému stanovení daně, tj. k zjištění nebo prověření daňového základu nebo jiné rozhodné okolnosti (§ 16 odst. 1 ZSDP). Zcela jinak je pak tomu u vytýkacího řízení, kde „vznik pochybností“ o správnosti nebo úplnosti daňového přiznání nebo hlášení nutně vede správce daně k vydání příslušné výzvy (podrobněji srov. § 43 odst. 1 ZSDP).
To lze ostatně přehledně a jednoznačně seznat z citovaného Protokolu, kdy na otázku zmocněného zástupce stěžovatelky, zda „existují nějaké pochybnosti o některém údaji uváděném společností E.T. Holding s.r.o.?“ správce daně odpověděl „Ne. Žádné specifické nejsou“. FÚ tedy při zahájení daňové kontroly stěžovatelce jednoznačně sdělil, že „pochybnosti o některém údaji uváděném společností E.T. Holding s.r.o.“ ve vztahu k předmětu kontroly, tj. zjištění nebo prověření daňového základu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně nejsou dány. Toto konstatování správce daně bylo - vzhledem k zahájení toliko daňové kontroly a zákonným podmínkám uvedeným v § 16 odst. 1 ZSDP - zcela namístě. (Poznámka: Jinými slovy, neexistence těchto pochybností sama o sobě legitimitu daňové kontroly nezpochybňuje.)
Proto nezbývá než uzavřít, že zmocněnému zástupci stěžovatelky byly důvody zahájení daňové kontroly sděleny, byly vyjádřeny v protokolu, a FÚ konstatoval, že nejsou specifické.
Možnost provádět kontrolu bez konkrétního podezření (podle rozsudku Pl. ÚS čj. 33/11 ze dne 8. 11. 2011):
„Daňové řízení a jednotlivá dílčí oprávnění svěřená správci daně v průběhu daňového řízení se ocitají mezi veřejným zájmem na stanovení a výběru daní na straně jedné a ochranou autonomní sféry jednotlivce na straně druhé. Je povinností správce daně při uplatňování jednotlivých procesních institutů, tedy i při provádění daňové kontroly, postupovat v souladu s principem proporcionality a minimalizovat zásahy tak, aby se konkrétní procesní postup nestal vůči jednotlivci nepřiměřeným a v důsledku porušujícím právo na informační autonomii jednotlivce. Za porušení těchto principů a realizaci pravomoci v rozporu s čl. 2 odst. 2 Listiny nelze považovat bez dalšího postup správce daně, který zahájí daňovou kontrolu bez konkrétními skutečnostmi podloženého podezření, že daňový subjekt nesplnil řádně daňovou povinnost.“
Pochybnosti u nadměrného odpočtu DPH
Jak plyne z výše uvedené judikatury, správce daně nás není povinen při zahájení kontroly informovat o svých pochybnostech, které vedly k nutnosti kontroly, dokonce je ani nemusí mít, právem státu je kontrolu (i namátkovou) provádět. Tím se také kontrola liší od postupu k odstranění pochybností, kde je naopak správce daně povinen nám při jeho zahájení konkrétní pochybnosti sdělit, a pokud tak neučiní nebo pouze v obecné, nekonkrétní podobě, riskuje, že bude postup k odstranění pochybností označen za nezákonný. Určitou výjimkou z tohoto pravidla je situace při prověřování nadměrného odpočtu DPH, pokud je činěno ještě před jeho schválením a výplatou.
Někteří daňoví odborníci se totiž opakovaně snaží prosadit nutnost sdělení konkrétních pochybností ze strany správce daně alespoň při kontrole nadměrného odpočtu DPH prováděné před vyměřením daně, neboť zde je situace pro plátce DPH zvláště citlivá. Správce daně totiž do vyměření daně zadržuje vyplacení nadměrného odpočtu DPH a kontrolovaný subjekt tak nemůže těmito finančními prostředky disponovat. Tento názor se však nepodařilo prosadit ani do rozsáhlé novely daňového řádu účinné od roku 2021. Přesto v dané oblasti dochází k určitému posunu. Daňový řád totiž od roku 2021 umožňuje vyplácet zálohu na nadměrný odpočet DPH z těch plnění, která správce daně nehodlá prověřovat (bude tedy zadržovat pouze tu část nadměrného odpočtu, která odpovídá plněním, u kterých správce daně pochybnosti má). Aby mohlo dojít k uvedenému rozdělení, bude pochopitelně muset správce daně při kontrole říci, jaká plnění zpochybňuje a proč a jaká naopak nikoli.
Na jedné straně ani zde právní úprava výslovně nezakotvuje u kontrol povinnost správce daně sdělit konkrétní pochybnosti, na straně druhé však u nezpochybňovaných plnění by záloha měla být vyplacena. Jinými slovy, měli bychom se dozvědět, o jakých plněních pochybnosti ještě jsou. Finanční úřad by tedy měl jasným způsobem sdělit, kterou část nadměrného odpočtu nezpochybňuje.
Příklad
Firma XYZ vykázala nadměrný odpočet 500 tis. Kč. Byl způsoben plněními od dvou dodavatelů A a B. Finanční úřad zahájil kontrolu před vyměřením daně. Kontroluje přitom zjevně jen dodávky od firmy A, firmu B nezpochybňuje. Firma tedy požaduje vyplacení zálohy na nadměrný odpočet ve výši odpovídají plněním od dodavatele B. Finanční úřad s tím však nesouhlasí. Zde by již měl své důvody sdělit, což vyplývá i z následujícího rozsudku.
Nutnost sdělit pochybnosti při stanovování zálohy na nadměrný odpočet (podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 8. 2020, čj. 1 Afs 271/2017 – 191, věc „AGROBET.CZ“):
„Souhrnně lze uzavřít, že o nesporné části uplatňovaného nadměrného odpočtu lze uvažovat, pokud tuto část odpočtu nebude možné v dalším průběhu řízení zpochybnit (nestane se součástí prověřovaných zdanitelných plnění v rámci daňové kontroly či postupu k odstranění pochybností a nebude zasažena daňovým podvodem nebo získaná zneužívajícím způsobem).
Na správce daně v rámci vymezení nesporné části dopadá zásada řádné správy (srov. bod [44] rozsudku Soudního dvora AGROBET CZ), která požaduje, aby v rámci svých kontrolních povinností provedl pečlivý a nestranný přezkum všech relevantních aspektů a zajistil tak, že bude mít při přijímání svého rozhodnutí k tomu účelu co nejúplnější a nejspolehlivější poznatky. Tato povinnost je spjatá i s poslední podmínkou pro vrácení nesporné části nadměrného odpočtu. Nelze tedy hovořit o nesporné části nadměrného odpočtu, jedná-li se o zdanitelná plnění, která správce daně může v budoucnu zpochybnit (zpravidla půjde o zdanitelná plnění nějakým způsobem spjatá s prověřovanou částí nadměrného odpočtu - stejné subjekty u vstupů či výstupů, obdobný ekonomický model plnění apod.). Soudní dvůr tato zdanitelná plnění považuje za součást sporné části nadměrného odpočtu.
Nutno dodat, že bude na správci daně, aby případnou možnost vzniku pochybností adekvátně určil, popsal a vysvětlil, resp. aby stanovil, proč zdanitelná plnění nejsou nesporná, ač jsou prozatímně vyňata z kontrolních postupů. To bude platit i pro situaci, v níž se daňový subjekt bude domáhat rozšíření nesporné části nadměrných odpočtů či jejího určení v situaci zahájení kontrolních postupů na celé zdaňovací období.“
3. Zahájení kontroly
3.1. Proč je vhodné znát přesně okamžik zahájení kontroly?
Základní důvody jsou dva:
- ověřit si, zda již finanční úřad „nepřišel pozdě“, tedy zda již neuplynula prekluzivní lhůta pro vyměření či doměření daně,
- pokud již byla kontrola zahájena, není možné platně podat dodatečné daňové přiznání.
3.1.1. Do kdy může přijít správce daně na kontrolu?
3.1.1.1. Prekluze dle daňového řádu
Daňový řád zakotvuje úpravu prekluze v § 148. Z něj vyplývá, že:
Daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.
Lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku.
Příklad
Daňové přiznání k dani z příjmů fyzických osob za rok 2019 bylo nutno podat do 1. dubna 2020.
Od 2. dubna 2020 začala běžet tříletá prekluzivní lhůta pro doměření daně a skončí 2. dubna 2023. I kdyby došlo k jejímu prodloužení z důvodů popsaných v dalším textu, nemůže být přesažen horizont deseti let, tedy maximálně do 2. dubna 2030.
Lhůta pro stanovení daně se prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty pro stanovení daně došlo k
a) podání dodatečného daňového tvrzení nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud tato výzva vedla k doměření daně,
b) oznámení rozhodnutí o stanovení daně,
c) zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku,
d) oznámení rozhodnutí ve věci opravného nebo dozorčího prostředku, nebo
e) oznámení rozhodnutí o prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně.
Příklad
Daňové přiznání k dani z příjmů za rok 2019 bylo nutno podat do 1. dubna 2020.
Od 2. dubna 2020 začala běžet tříletá prekluzivní lhůta pro doměření daně a skončí 2. dubna 2023.
Dejme tomu, že 2. ledna 2023 bude podáno dodatečné daňové přiznání za rok 2019. Prekluzivní lhůta pak neuplyne 2. dubna 2023, ale o rok později, tedy 2. dubna 2024. Pokud by bylo dodatečné daňové přiznání podáno např. 10. března 2021, pak by se podle tohoto ustanovení prekluzivní lhůta o rok neprodlužovala.
Byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena ...