Dodatečné přiznání podané po uplynutí lhůty pro stanovení daně a postup správce daně

Plátce DPH podal přiznání k DPH za leden 2015 dne 25. 2. 2015 tedy ve lhůtě pro podání přiznání k DPH. V tomto řádném přiznání k DPH byla vykázána daňová povinnost ve výši 2 mil. Kč, která byla vyměřena na základě daňového přiznání, a správce daně neprováděl u zdaňovacího období leden 2015 žádné kontrolní postupy. U tohoto zdaňovacího období ani nenastaly žádné skutečnosti, které by měl vliv na lhůtu pro stanovení daně. Dne 28. 2. 2018 společnost zjistila, že u jednoho daňového dokladu s datem uskutečnění zdanitelného plnění 10. 1. 2015 nedopatřením uplatnila 15% namísto 21%. Společnost podala dodatečné přiznání za leden 2014 dne 28. 2. 2018. Jak bude postupovat správce daně?